ネバーランド大戦が進行し、いくつかの国が滅亡・統合している他、 君主交代や武将の出奔によりスペクトラルフォース２と比べてかなり勢力が変わっています。
主人公はシンバ。 ネバーランドはムロマチのエンディングを正史として、スペクトラルブレイドやジェネレーションオブカオスへと繋がっていくのです。
システムも変更されている部分があり、バランスも調整されて前作よりも難易度は上がっています。
前作と違い、落城させただけでもアイテムが手に入り（滅亡させた場合は入手個数が増えます）、 使うことで能力アップ、必殺技修得、兵種変更を行うことができます。
同盟を結んでいる国の君主や、特定の武将に対するイベント武将が援軍として戦闘に参加してくれることがあります。 ウェイブ、アレースあたりは所持兵数が多いのでおすすめ。 ただし、敵側の方が出現確率は高いので注意。
また、自軍にだけ出現する援軍や、終盤敵軍にのみ出現する援軍もいます。
陣形が増え、前作のように直接の三すくみではなくなっています。
武力が2だと攻撃陣形（攻撃２倍、技防御半分）が、知力2だと対魔陣形（技無効化、攻撃４分の１、士気20）が使えないのでどちらもアイテムを使って4以上にしておく他、 前作のようなランダムではなく、武力が10で三方不敗、知力10で波状攻撃（共に攻撃３倍、士気50）が選択できるようになるので主力武将は狙ってみるのがおすすめ。 どちらかというと波状攻撃の方が敵に抜けられにくいです。
陣形失敗については、発生確率は減ったものの必ず陣形分断が出るようになりました。
エンディングは、全ての国が所属武将を条件として分岐します。 条件は初期所属武将が揃っていること、ストーリー上出奔した武将を雇用していることなど様々です。
あと、あくまで「真エンディング」であって「ハッピーエンド」ではありません、そこらへん注意ね。 特にシフォンとか。
必殺技は前作よりも全体的に攻撃力が上がっています。 対魔陣形があるので、敵軍の士気も十分上がっている中盤あたりはちょっと使いにくいですが。
回復魔法は、効果が300人程度に変わっているので兵種の組み合わせを考える必要があります。 例えば、ひよこ虫なら回復した後に敵軍からの必殺技で減らされるということがほぼなくなります。
邪系は汎用技が統合されたため、兵数と士気をまとめて減らすことができる強力なものになっています。 士気減少効果は対魔陣形、ひよこ虫やデビルに対しても発生するため、敵軍を撤退させやすくなるなどかなり便利。
他には炎系がひよこ虫にも効果があり、攻撃範囲としても使いやすいと思います。 氷系、雷系、気系も相性のいい兵種が多いです（効かない兵種もあるので確認は必要です）
風系は攻撃範囲の関係で、剣系は兵種との関係で使いにくいかもしれません。 剣系は前作よりも攻撃範囲は広がっているんですけどねぇ。
前作と違い、敵城陥落後に手に入るアイテム「白の薬」で兵種を入れ替えることができます。 白の薬は３種類のうちランダムでの入手となり、それぞれ変更先の兵種が違います。
各兵種にはそれぞれ攻撃値、防御値、攻城値が設定されています。 例えば、ナイトやドウム兵は野戦（攻撃、防御）では高い能力を発揮しますが、城を攻める際にはあまり役に立ちません。 逆に村人は城壁を壊すのだけは得意なようです。 攻城値を除いた、地形相性や必殺技耐性なども含めた兵種情報はゲーム内で見ることができるので確認しておきましょう。
使いやすさなどを含めると、おすすめできる兵種はデビル、エンジェル、ニンジャになると思います。 ただ、デビルとエンジェルの攻城値は並程度なので注意が必要です。 数値的にはあまり強くありませんが、ひよこ虫は火属性以外の必殺技に対してダメージを受けないので武将との組み合わせによってはかなり強いです。
特殊な条件で入手できる兵種として、パラメータオール10で全ての必殺技に耐性を持つ竜戦士というものがあります。 自軍（援軍除く）兵数が1または5000で落城させると３分の１で手に入る「ドラゴンソウル」を使うとこの兵種に変更されます。 あらかじめ敵軍兵数を減らしておき、援軍のみで戦うなどで入手難易度が下がります。 領土などに注意して、他国に割り込まれないように。